شرکت شرودینگر، پیشتاز علوم زیستی و مولکولی

شرکت علوم زیستی شرودینگر، از قدیمی‌ترین شرکت‌های خدماتی کامپیوتر در حوزه علوم زیستی است. شرکتی که در سال 1990 توسط دو نفر شیمی‌دان تاسیس شد و در سال‌های ابتدایی به عنوان تسهیل‌گر تحقیق در زمینه تحقیقات علوم‌زیستی فعالیت می‌کرد. با توسعه نقش محاسبات در علوم زیستی بخصوص شیمی و مولکولی از اوایل سال 2000 این شرکت همکاری بسیار نزدیکی با تیم‌های توسعه‌دهنده نرم‌افزارهای محاسباتی ایجاد کرد. حدود سال 2010 و با تاسیس شرکت علوم درمانی Nimbus Therapeutics فعالیت‌های این شرکت نقش مهمی در توسعه و درک نحوه‌ی ایجاد و درمان بیماری‌ها شروع کرد.
یکی از اولین نتایج تحقیقات شرکت نیمباس کشف و ساخت بازدارنده ACA (استیل کوآ کربوکسیلاز) است که در سال 2016 به قیمت 1.2 میلیارد دلار به شرکت داریویی 90 میلیارد دلاری گیلیاد فروخته شد. این بازدارنده به زودی به عنوان داروی موثر اختلالات کبدی وارد بازار خواهد شد. تاسیس شرکت نیمباس در سال 2010 منجر به اولین دور سرمایه‌گذاری شخص بیل‌گیتس در شرکت شرودینگر شد.
با شروع کرونا و مشخص شدن نقش سرعت و زمان در تحقیقات مولوکولی، محبوبیت خدمات شرکت شرودینگر و بسته‌ی نرم‌افزاری قدیمی و معروف این شرکت Schrodinger Suite به شدت افزایش پیدا کرد. در اواخر سال 2019 آخرین دور سرمایه‌گذاری خصوصی این شرکت به مبلغ 108 میلیون دلار انجام شد و زمزمه‌های ورود شرکت 30 ساله شرودینگر به بازار سهام آغاز شد.

تاریخچه رشد شرکت شرودینگر chrodinger

ورود شرودینگر به بازار سهام – NASDAQ: SDGR

در فوریه 2020 این شرکت در نهایت وارد بازار سهام شد و در پایان اولین روز عرضه‌ی اولیه سهام، قیمت هر واحد سهم این شرکت به 27.22$ رسید. با ورود به بازار سهام، شرودینگر توانست 232 میلیون دلار سرمایه جذب کند. ارزش بازار این شرکت در حال حاضر (شهریور 1400) حدود 4.15 میلیارد دلار است و قیمت سهام آن در بازار سهام نزدک حدود 55$ در ازای هر سهم است. درآمد این شرکت در سال 2018 تنها 66.6 میلیون دلار بوده است، اما با گسترش تحقیقات برای داروهای مولکولی و ورود مشتریانی مانند سانوفی و فایزر روند روبه‌رشد به سرعت ادامه دارد. پیش‌بینی می‌شود اندازه بازار تحقیق و توسعه در صنایع دارویی در سال 2022 حدود 202 میلیارد دلار باشد. معمولا نقش شرکت Schrodinger در صنایع علوم زیستی را با شرکت تسلا در صنایع خودروسازی مقایسه می‌کنند.

NASDAQ: SDGR

مهمترین ابزار ایجاد تحول در علوم زیستی و مولکولی شرودینگر بسته‌ی نرم‌افزاری Schrodinger Suite است که در تعامل نزدیک با شرکت‌های تولیدکننده نرم‌افزار و شرکت‌های دارویی و تحقیقاتی توسعه داده شده است. این شرکت، با انعقاد قراردادهای حق استفاده مختلف و اختصاصی بین طرفین، امکان استفاده در لایه‌های مختلف را بین مراکز تجاری، تحقیقاتی و دانشگاهی فراهم می‌کند. همچنین با استفاده از پلتفرم ایجاد شده، امکان سرعت بخشیدن به محاسبات و حل مشکلات را فراهم می‌کند.
شرودینگر از سال 2012 توانسته با همکاری آمازون سرعت حل و کشف مسائل مربوط به بیماری‌ها و درمان را سرعت بخشد. به عنوان مثال در سال 2012 با استفاده از سیستم Cycle Computing توانست در مدت سه ساعت و با استفاده از 50هزار هسته پردازشی یکی از مشکلات را حل کند. Cycle Computing هم اکنون در اختیار مایکروسافت است.

در بهار 1399 شرودینگر و گوگل وارد یک برنامه سه ساله مشارکتی شدند تا با استفاده از قدرت Google Cloud برای کشف سریع‌تر داروها اقدام کنند. در ادامه تصویری از بسته‌ی نرم‌افزاری Schrodinger Suite نسخه 2021 را می‌بینید. همچنین بسته‌های مختلف این پکیج برای استفاده تحقیقاتی دانشگاه استنفورد فهرست شده است.

نمونه فایل‌های Schrodinger Suite

Biologics Suite

Comprehensive Protein Modeling

  • Complete set of homology modeling tools, including both rapid and advanced methods
  • Chimeric and multimeric models
  • Advanced sequence tools for multiple alignment, with extensive annotation options
  • Protein structure quality analysis
  • Identification of consensus elements in structural families/homologs

 Advanced Features for Protein Engineering

  • Protein aggregation prediction
  • Identification of hot spots for proteolysis, glycosylation, deamidation, and oxidation
  • Residue-based analysis of energies, solvent-accessible surface areas, and hydropathy
  • Cysteine scanning to identify residue mutations for potential cysteine-cysteine disulfide bonds
  • Automated residue scanning to predict relative stabilities as well as changes in solvent‑accessible surface area, pKa, and hydropathy

Antibody Modeling

  • Automated intuitive workflow
  • Prediction of CDR from sequence
  • Rapid prediction using curated antibody database
  • Advanced ab initio loop prediction using Prime
  • Database management tools for simple incorporation of new/proprietary structures, and allows use of multiple databases in modeling

State-of-the-Art Protein-Protein Docking

  • Well-validated docking code, PIPER; for more information please visit the PIPER website.
  • Special antibody and multimer modes

Advanced Simulations

  • Access to Schrödinger simulation tools
  • Advanced molecular dynamics (MD)
  • Extensive Free Energy Perturbation (FEP) tools
  • Large-scale, low mode (normal) search for domain movement
  • Quantum mechanics/molecular mechanics (QM/MM) predictions of binding site reactivity

Small-Molecule Drug Discovery Suite

Wide Range of Virtual Screening Options, Spanning the Spectrum of Speed vs. Accuracy Tradeoffs

  • 2D/3D QSAR with a large selection of fingerprint options
  • Shape-based screening, with or without atom properties
  • Ligand-based pharmacophore modeling
  • e-Pharmacophore modeling incorporating ligand-receptor interaction energies
  • Flexible ligand docking with industry-leading Glide
  • SIFt — structure interaction fingerprint analysis
  • Induced-fit docking with receptor flexibility
  • Covalent docking
  • 2D ligand interaction diagrams

Advanced Computations to Estimate Binding Affinity and to Rank-Order Compound

  • Embrace post-docking refinement
  • Prime MM/GBSA
  • Free energy perturbation (FEP) theory
  • Linear interaction approximation (LIA)
  • QM-polarized ligand docking

Analyses to Predict, Prepare, Refine and Characterize Target Structureand Binding Modes

  • Protein crystal structure refinement
  • Protein structure analysis and homology modeling
  • GPCR and hERG modeling
  • Protein binding site identification and analysis
  • Multiple binding mode prediction

Complete Set of Utilities to Prepare, Analyze and Filter Ligand Structures and to Create and Design Ligand Libraries

  • 2D to 3D structure conversion, with emphasis on bioactive conformers
  • Tautomeric state enumeration and analysis
  • Ligand interaction diagram
  • Commercially-available compound database
  • Flexible ligand superposition
  • Combinatorial library creation
  • Core hopping
  • Filter compound libraries based on predicted ADME properties
  • R-group analysis

General Modeling Tools That Can be Applied Across a Wide Range of Chemical Systems

  • High-performance QM calculations, in gas phase and in solution
  • MM/MD simulations, with implicit or explicit solvents
  • Small molecule and macromolecular conformational analyses
  • Mixed-mode QM/MM calculations for ground state and reactivity studies

Fully Supported by State-of-the-Art Visualization and Workflow Automation Tools

  •  Unified graphical user interface, Maestro, that serves all computations
  • Publication-quality graphics and flexible analysis
  • KNIME Extensions and customizable workflows
  • Python API

حرکت آهسته ۱ میلیون فریم در ثانیه

فیلم‌برداری حرکت آهسته که تا همین 10 سال پیش تکنولوژی لوکسی محسوب میشد، در سال‌های اخیر با پیشرفت تکنولوژی‌های CMOS به دوربین‌ گوشی‌های همراه وارد شده است. و حالا فیلم‌برداری حرکت فوق آهسته در حال توسعه تکنولوژی و پیشرفت است.
یکی از اتفاقات جدید در این زمینه ورود سنسورهایی با تکنولوژی روشنایی پسین (back side illumination) پیشرفته به حوزه‌ی دوربین‌های Slow Motion تجاری و در دسترس عموم است. شرکت فانتوم در بهار 1400 با معرفی تجاری این سنسورها در دوربین‌های سری TMX 7510 دسترسی به سرعت خالق‌العاده 1.75 میلیون فریم در ثانیه را امکان پذیر کرد. با این نرخ اعجاب‌انگیز یعنی مدت زمان یک ثانیه فیلم‌برداری برابر با حدود 19 ساعت نمایش با استاندارد 25 فریم در ثانیه خواهد بود.

دوربین حرکت آهسته Phantom TMX

دوربین فیلم‌برداری فوق آهسته TMX 7510 با ظرفیت ثبت 75 گیگاپیکسل در ثانیه در حالت ایده‌آل می‌‎تواند با نرخ 76000 fps با کیفیت تصویر Resolution معادل حدودی HD یعنی 1280×800 پیکسل فیلم‌برداری انجام دهد. همین دوربین با کاهش کیفیت فیلم‌برداری به 640×384 می‌تواند با سرعت 308000 فریم در ثانیه فیلم‌برداری انجام دهد. تمام این‌ موارد در حالتی است که تا کمتر از 6 ماه پیش، در حالات مشابه رسیدن به سرعت 30000 فریم در ثانیه به سختی امکان پذیر بود.

دوربین حرکت آهسته TMX 7510
دوربین حرکت آهسته TMX 7510

اهمیت دستیابی به چنین سرعت‌هایی برای فیلم‌برداری فوق‌آهسته، امکان ثبت بازخوردهای فیزیکی از اتفاقاتی است که تابحال درک شهودی از آن‌ها وجود نداشته است. بررسی کنش‌های فیزیکی اجسام و نحوه‌ی اتفاق تراکنش‌های شیمیایی از مهمترین مواردی است که بجز سرگرمی برای چنین‌ سرعت‌هایی راهگشا خواهد بود.

تکنولوژی حرکت آهسته BSI

شرکت سازنده دوربین‌های فانتوم برای معرفی back-side illuminated این فایل را آماده کرده است. بر اساس برداشت غیرتخصصی من، افزایش قابل توجه حساسیت سنسورها با استفاده نور افشانی بیشتر بر روی سنسور و همچنین بهبود زمان بازتاب نور بر روی سنسورها این فرآیند امکان پذیر شده است. برای استفاده و ثبت کامل این تصاویر این دوربین با سایز متوسط تا ۵۱۲ گیگابات حافظه RAM و 8 ترابایت فضای ذخیره سازی دارد.

سنسور حرکت آهسته Back Side Illumination

نمونه ویدیوهای حرکت آهسته TMX

در حال حاضر بهترین ویدویی‌هایی که برای معرفی نمونه خروجی این دوربین و تکنولوژی در دسترس است، نمونه کارهای کانال یوتیوب The Slow Mo Guys است. دو ویدیو زیر را برای لذت و آشنایی بیشتر ببینید:

شکستن گیلاس شیشه‌ای با صدا در ۱۸۷۵۰۰ فریم در ثانیه
معرفی قابلیت‌های TMX 750 – هر ثانیه اتفاق برابر با یک ساعت نمایش

۲۰ سال با وبلاگ فارسی

تکوپدیا بر روی Sun Enterprise 5500

تقریبا یک ماه دیگر، همزمان با ۱۶ شهریور بیست سال از شروع جدی وبلاگ نویسی فارسی گذشته است. بنظرم در طول این بیست سال، چند موج رفتاری برای انتشار محتوای فارسی اتفاق افتاده است:

وبلاگ فارسی در سال‌های ۸۰ تا حدود ۸۵/۸۶

گروه‌های مختلفی شروع به انتشار و ایجاد وبلاگ فارسی به صورت اختصاصی و یا اشتراکی کردند. روزمره‌نویسی، علایق شخصی، حوزه‌های تخصصی، رویکرد اجتماعی و پیشتازان حوزه‌های جدید این گروه‌ها را تشکیل دادند. ابزارها و سایت‌های زیادی شروع به کار کرد و کم‌کم وبلاگ از یک ابزار کم‌ارزش در حوزه‌‎ی وب به بستر انتشار محتوا تبدیل شد.

سال‌های ۸۵ تا اوایل ۹۰

وبلاگ‌ها از بستر محتوای شخصی به محل نشر عقاید اجتماعی و کمی سیاسی تبدیل شدند. چندین پرونده‌ی قضایی/سیاسی شکل گرفت و بواسطه امکان انتشار بدون سانسور محتوا، حجم روزمره نویسی بیشتر به سوی درخواست‌های اجتماعی و سیاسی حرکت کرد.

اوایل دهه ۹۰ تا سال‌های ۹۳/۹۴

تعداد زیادی از نویسندگان وبلاگ‌های فارسی دست از نوشتن کشیدند و بجز نویسندگان روزمره (بیشتر نوجوانان) و فعالان اجتماعی/سیاسی حجم بلاگ‌های تخصصی به شدت کاهش یافت. همزمان رشد شبکه‌های اجتماعی بخصوص در ابتدا فیس‌بوک و سپس توییتر موجب حرکت کاربران به سمت این بستر راحت‌تر شد.

سال‌های ۹۳ تا ۹۷

تعداد زیادی وبسایت با کیفیت با محتوای فارسی در زمینه‌های مختلف مرحله‌ی رشد اولیه را سپری کردند و وارد مرحله‌ی جدیدی از بلوغ تجاری شدند. سایت‌هایی با محوریت تکنولوژی، سلامت، ورزش، آشپزی در حال فعالیت هستند. همچنین نقش وبلاگ‌ها در وب‌سایت‌های تجاری و سازمان‌ها تا حدودی پر رنگ شده است و بجز ابزار ارتباطی نقش موتورهای جستجو و تولید محتوای خاص بصورت جدی دنبال می‌شود.
گروه‌های تجاری موفقی حول موضوع تولید و انتشار محتوا شکل گرفتند و نویسندگان با تجربه‌تر نیز نقش وبلاگ‌ها را به رسمیت شناختند.
این دوره را می‌توان زمان افول وبلاگ‌های شخصی و قدرت‌گیری استفاده تجاری از وبلاگ در فضای وب‎‌فارسی دانست.

سال‌های ۱۳۹۷ تا ۱۴۰۰

با جدی شدن نقش تولید محتوای فارسی در بخش تجاری و همچنین نقش پررنگ شبکه‌های اجتماعی، وبلاگ‌ها، یکی از مهمترین ابزار رشد و بازاریابی برای شرکت‌ها و سازمان‌ها هستند. استفاده مناسب از شبکه‌های اجتماعی، وبلاگ‌ها و ابزارهای تولید محتوای گروهی مانند ویرگول در فضای وب‌فارسی علاوه بر استفاده سازمانی، استفاده تیمی را پر رنگ کرده است. نقش نویسنده‌های متخصص و فنی پر رنگ شده است و شرکت‌های بزرگ و مطرح پیشرو شروع به راه‌اندازی وبلاگ تیم‌های فنی و یا تجاری و یا منابع انسانی کرده‌اند.
این دوره هر چند از نظر تجاری بسیار پر رنگ است، اما استفاده بیش از حد تکنیک‌های SEO و نوشتن برای گوگل بجای نوشتن برای انسان، از کیفیت محتوای نشر شده کاسته است.

سال ۱۴۰۰ و بعد از آن

نگرانی‌های پیرامون طرح صیانت و اثرات آن بر رشد اکوسیستم فضای مجازی و همینطور اثرات بد طرح صیانت در این روزها پر رنگ است. سال‌هاست فضای وب فارسی درگیر موضوع فیلترینگ، سانسور و محدودیت‌های ناشی از تحریم است.
به جز این موارد، دور شدن نویسندگان از نوشتن برای انسان‌ها و تاکید بیش از حد بر خوانش توسط موتورهای جستجو و گوگل باعث شده است نتایج بسیاری از کلمات وب فارسی به سمت وبلاگ فارسی تجاری و یا اسپم هدایت شوند. همچنین کمبود نویسنده در حوزه‌های غیر تخصصی به جز IT‌ نیز همواره وجود داشته است. بسیاری از متخصصان به جای وبلاگ استفاده از اینستاگرام را در پیش گرفته اند و در سایه‌ی محدودیت‌های تحریم امکان استفاده از تمام ظرفیت محتوای تولیدی خود را ندارند.

این نوشته بهانه‌ای بود برای یادآوری نوشتن برای انسان‌ها، به جای تاکید بر روی محتوای مورد قبول SEO، لازم است تا از ارزش نوشتن برای همدیگر بیشتر استفاده کنیم. این روزها، برای بهبود نوشتن سعی می‌کنم اگر متنی می‌نویسم خودم با چشم آن را بخوانم و در این دو ابزار سعی کنم استفاده از کلمات را بهبود بخشم.
با استفاده از Word Counter و Text Analyzer شاید بتوان در مورد نحوه‌ی استفاده از کلمات راحت تر تصمیم گرفت.

فرمت ویدیویی جدید MPEG-5

مدتی است که شرکت‌های سامسونگ، کوالکام و هواوی با برنامه‌ریزی بهره‌برداری تجاری گسترده از شبکه‌های مخابراتی 5G نسل پنجم و استقبال بیشتر از استانداردهای ویدیویی 4K و 8K به دنبال فرمت ویدئویی جدیدی برای نسل بعدی MPEG-4 هستند.

Huawei, Qualcomm, Samsung present new video coding standard MPEG-5
Huawei, Qualcomm and Samsung have welcomed a new video coding standard called MPEG-5 Essential Video Coding (EVC). The standard delivers 4K UHD video with greater compression and efficiency when compared to the previous standard codec. It does this by improving compression capabilities; this in turn will let more screens display 4K, 8K, VR, AR and HDR content and help increase service possibilities. The standard is expected to help provide emerging delivery protocols and networks such as 5G.

فرمت ویدئویی MPEG-5

استاندارد ISO/IEC 23094 با عنوان Essential Video Coding قابلیت‌های بیشتری برای ویدئوهایی با کیفیت بیشتر، حجم کمتر و ابعاد بزرگ‌تر ارائه خواهد کرد. این ویدئو مرور خوبی برای این فرمت ارائه میدهد:

وضعیت کدک های مختلف ویدئویی
کاربری های MPEG-5

کارخانه رمزارز Kryptsy

همزمان با داغ شدن بازار استفاده از برق ارزان قیمت ایران، سازمان‌های زیادی به فکر راه اندازی کارخانه‌های رمزارز در ایران بودند. آبان ۱۳۹۷ طرحی رو برای سازمانی ارائه کردم جهت ایجاد یک چرخه‌ی خدمات ماینینگ به همراه استفاده از ظرفیت تربیت نیروهای متخصص برای توسعه ابزارهای مبتنی بر بلاکچین. البته مثل خیلی از سازمان‌های بزرگ مشمول مرور زمان شد و به سرانجام نرسید. امام مستند خوبی شد و برای خودم هم یکی از بهترین مثال‌ها از اهمیت “زمان ورود به بازار” رو شفاف کرد.

بخشی از این سند رو به عنوان معرفی می‌تونید در اینجا با عنوان Kryptsy Cryptocurrency – Bitcoin Mining Farm ببینید.

Kryptsy Cryptocurrency – Bitcoin Mining Farm from Jalal Rohani

وای‌فای ایرانسل در توچال

اپراتور ایرانسل بعد از چندین بار معرفی سرویس WiFi تحت عنوان چتر ایرانسل در فروردین 1394 خدمات اینترنت Wi-Fi ایرانسل را در مجموعه توچال را افتتاح کرد. سال گذشته دو بار تست کردم و هر دو بار نتیجه نسبتا خوبی داشت (هر چند از وقتی که سرویس 4G را معرفی کرده است خیلی کمتر روی موبایل از وای فای استفاده می کنم.)

در ادامه نوشته اقدام دیرهنگام برای گسترش شبکه‌های WI-FI عمومی و به امید اینکه معرفی وای‌فای اول شروع رسمی رقابت بین دو اپراتور موبایل بزرگ کشور باشد و باعث افزایش نقاط و بهبود شرایط استفاده از اینترنت وای فای شود، این عکس ها رو از نصب توچال داشته باشید. بعدا هم باید سری به وای فای اول زد.